神秘博士第二季

第1集　　5000000023年的新地球，新生的博士和罗斯来到了一个位于M87 银河系的新地球（地球在5000000000年的时候毁灭，出自S1E2），在那里罗斯被卡珊德拉（自称最后一名真正的人类或者说是人皮，在S1E2出现）附身。新地球原来的居民――长着猫脸的人为了治疗人类移居到这个星球时所带来的种种疾病，用细胞培养人体，关在密室中做病毒实验。有一个传说：Boe之脸在临死前会对一个孤单的旅行者说出他最大的秘密，博士见到Boe之脸，但后者告诉博士，下一次见面的时候才是说出秘密的时刻【Boe之脸（face of the Boe）第二次出现】。被卡珊德拉附身的罗斯释放了带病毒的人体，使得整个医院被隔离，几乎全部的人都被感染。最后，卡珊德拉附身在自己创造的克隆人齐普身上，被博士带到过去，死在了还是人类时候的自己怀里。

第2集　　1879年英格兰设菲尔德市，博士和罗斯回到了19世纪的英国，在那里他们将遇到维多利亚女王，以及传说中在满月时出现的狼人，最后女王成为了狼人。由此事件，王室建立火炬木（Torchwood）

第3集　　2006年英国伦敦，博士和罗斯以及米奇·史密斯(Mickey Smith)来到了某学校，博士发现，这里的学生拥有超时代的知识（如何超越光速等），而大部分学生被一群大蝙蝠变化成的老师（克里烃人）控制，用电脑破解斯卡西斯范例程序——上帝创造者（创世密码），即宇宙理论，破解此方程之后，可以控制宇宙基石、时间、空间、物质，想要控制整个宇宙。而S1E1就出场的米奇终于决定加入。（博士的旧伙伴莎拉和King 9 Dog出现）

第4集　　5006年后的宇宙飞船和1727-1757年的法国巴黎.博士、罗斯和米奇来到了51世纪的宇宙飞船，飞船能量充足，上面却没有一个人。博士偶然发现有一个壁炉可以超越时空，而另一边是18世纪的法国巴黎，坐着一个名叫蕾妮特的7岁(1727年)女孩。在她7岁和32岁以及37岁时，将会分别出现多个宇宙飞船上的机器人，它们需要蕾妮特的大脑来完善飞船，博士将多次来回宇宙飞船和法国巴黎保护蕾妮特。最后，博士希望蕾妮特加入他的旅行，但蕾妮特没有等到那一天。（本集获得2007年雨果奖最佳戏剧表现短片奖）

第5集　　2006年英国伦敦，博士、罗斯和米奇意外来到平行世界的21世纪，在那里他们发现这是一个从未见过的21世纪，罗斯发现她的父亲皮特·泰勒还活着，并且帮助约翰·鲁米克制造了一个人类升级工厂，人类可以通过佩戴工厂制造的耳机下载任何资料。可是鲁米克的生命即将走到尽头，他希望将人类改造成人造人，让自己的生命可以延续下去。但是，改造后的人类，却变成了一个新的种族——赛博人(Cybermen)（赛博人是博士的宿敌之一，老版中就存在），而赛博人要消灭博士一行人。

第6集　　2006年英国伦敦，另一个平行的世界，博士利用塔迪斯的能量暂时解决了眼前的危机，然后他们兵分三路前往改造人类的工厂，寻找罗斯这个世界的妈妈和消灭赛博人的方法。幕后黑手鲁米克也被改造为赛博人的指挥官，罗斯的妈妈也没有幸免。在谈话中，博士通过巧妙的办法引导米奇找到了密码，使被改造的人类都找回了自己的意识，但那同时也意味着走向死亡。最后，米奇决定留在这个世界，虽然那将意味着他再也回不到原来的世界。

第7集　　1953年英国伦敦，博士和罗斯在50年代的城里，看到人们在买电视机，准备收看伊丽莎白的加冕典礼。在柯浓里的家里，博士和罗斯发现一个没有脸的妇人被警察带走了，博士为了要知道真相也去了警察局。而罗斯看了看柯浓里家的电视机后，好像发现了什么便去调查。但随即罗斯也被警察局发现在大街上，并且也没了脸。

第8集　　4万3千年后的太空基地，博士和罗斯来到了未来的太空基地。他们看到了有一群叫Ood的外星人给在太空基地工作的人们做奴仆。太空基地是建在一块巨大的岩石上面，基地外面竟有一个巨大的黑洞。在一次小地震后，部分太空基地和塔迪斯塌陷了，博士为了寻找塔迪斯决定到地底去看一看。

第9集　　4万3千年后的太空基地，被邪恶力量控制的Ood包围太空基地，在基地上的人们决定，带着罗斯离开太空基地。而留在地底的博士将会看到一个巨大的魔鬼。

第10集　　2006年英国伦敦，埃尔顿和一群好朋友出于好奇心，在图书馆地下室建立了一个小团体，专门收集一些有关博士的资料。但是在维克多·肯尼迪加入后，有人发现他们的伙伴越来越少了。后来埃尔顿发现原来维克多是一个外星人，而博士和罗斯会出现吗？

11集　　2012年英国伦敦，博士和罗斯来到了6年后的伦敦，当时的群众应该准备迎接，第30届伦敦奥运会的开幕。但是博士和罗斯看到在某条街道上的人，不明原因地一个个的消失。然后博士和罗斯来到一个小女孩克洛伊的家里发现，不知什么原因，克洛伊画的人和消失的人一样。博士经过调查后知道了，原来是一种外星植物进入了克洛伊的体内，所以克洛伊画的人会在街道上消失进入画中。

第12集　　罗斯和博士回到现在的伦敦，发现满大街都是幽灵。火炬木小组(Torchwood)的女指挥伊冯·哈特曼，因为一个用机器无法测量到任何数据，只有肉眼看见的大球在金丝雀码头出现，便在大球出现的裂缝处建了大厦，并且控制裂缝使鬼魂出现。但所谓鬼魂实为赛博人，赛博人趁机入侵火炬木，打开裂缝引入赛博大军。而那来自零空间的大球实为一个通道，里面出来了四个戴立克。

第13集　　接上一集，赛博人宣称已统治地球，并要移除人类的恐惧、性、阶级、人种和信条，把所有人类都变成赛博人。而四个戴立克保护着同样从大球里出来的“创世方舟”，并扬言一个戴立克就能摧毁五百万赛博人，这一集赛博人与Dalek的对话十分有趣。平行世界的罗斯的父亲皮特，米奇也都通过裂缝来到这个地球加入了战争。“创世方舟”是时间领主制造的监狱，内关有数百万戴立克，一场恶战开始，人类面临灭绝。博士逆转裂缝把赛博人和戴立克关进零空间，罗斯被“父亲”接去平行世界无法回来，博士引爆了一颗超新星以获得足够能量穿越时空，向站在恶狼湾的罗斯道别；火炬木小组第一分组全部覆灭。（此2集获2007年雨果奖最佳戏剧表现短片）